Il 6 luglio 2006 il Consiglio Comunale di Empoli delibera con atto n° 64, di costituire la Società 'Farmacie comunali Empoli S.r.l,' registrata il 27 luglio 2006 a Empoli con atto notarile. La sua scadenza è stata fissata fino al 31/12/2050.
I rapporti fra la Società ed il Comune di Empoli sono disciplinati dal contratto di servizio approvato con delibera di Giunta Comunale n° 129 del 19.07.2006.
Successivamente, con deliberazione di Giunta Comunale n. 133 del 3/09/2007, alla Società 'Farmacie Comunali Empoli S.r.l.' viene affidata la gestione della seconda sede farmaceutica, assegnata dalla Regione Toscana al Comune di Empoli.