La storia della biblioteca di Empoli prende avvio nei primi anni dell'Ottocento, quando Monsignor Giovanni Marchetti (empolese diventato vescovo di Ancira, l'attuale Ankara) operò il lascito della sua preziosa libreria per consentirne l'uso pubblico.
Dopo una prima fase in cui non fu chiaro di chi fosse la proprietà e la responsabilità della gestione delle collezioni, tra la Comunità e il Capitolo, il fondo librario fu acquistato a cura del proposto di Empoli, Bonistalli, dagli eredi Marchetti e donato alla Comunità, con la clausola di garantirne l'uso pubblico e di mantenere a cura della autorità ecclesiastica il diritto di nominare il bibliotecario.
Il 15 marzo 1833 è la data ufficiale della nascita della biblioteca comunale, che venne annessa formalmente alle pubbliche scuole, istituite nel 1820. L'anno successivo, dopo la ristrutturazione dei locali, la biblioteca divenne effettivamente pubblica.
Alla morte del proposto Bonistalli, il Comune stabilì che la nomina del bibliotecario avvenisse per pubblico concorso, aperto ai cittadini con la Fede di specchietto, in grado di leggere e scrivere e provvisti di tutte le garanzie morali e civili.
Il concorso venne bandito nel 1852, segnando il definitivo distacco dalla chiesa: da allora il bibliotecario divenne un impiegato comunale a tutti gli effetti, con le funzioni di segretario delle scuole.
Accanto alla figura del bibliotecario, c'era anche la figura del bibliotecario-onorario (carica assegnata a insegnanti delle pubbliche scuole o a personalità del mondo della cultura empolese, ma senza compenso).
Il comune da allora stanziò fondi specifici per gli acquisti librari, fornendo alla biblioteca crescente autonomia rispetto alla scuola.
Sempre nel 1852 l'Ufficio Tecnico Comunale realizzò il progetto per l'illuminazione della biblioteca, in modo tale da poterla aprire anche di pomeriggio.